Grazie alla sua esperienza, il museo è riconosciuto a livello internazionale anche per le sue competenze in materia di gestione di fondi fotografici completi. Tra questi si annoverano i fondi degli atelier di Jongh, Pierre Gilliard, Gertrude Fehr, Ella Maillart, Rodolphe Schlemmer, Nicolas Bouvier, Charles Chaplin, Maurice Blanc, Jules Jacot-Guillarmod, Jean Herbert, Edouard Payot, Marcel Imsand, Jean Mohr, Hans Steiner, Jean-Pierre Grisel, Maurice Vouga, Suzi Pilet, Jan Groover, Lehnert & Landrock, Olivier Föllmi, René Burri, Pierre Keller o di Sabine Weiss.
Il concetto di archivio è particolarmente determinante, in quanto permette di ritrovare le tracce delle procedure di un dato fotografo o fotografa: negativi, stampe a contatto, prove di lavoro, stampe da esposizione, carnet, corrispondenze, registri contabili, documentazioni cartacee, pubblicazioni o schede digitali. La custodia di serie complete permette quindi di comprendere meglio il modo in cui ogni fotografo concepisce il proprio mestiere e sviluppa il proprio processo creativo, in sostanza il suo modus operandi, che illustra la sua carriera professionale e le relazioni con il mezzo fotografico, passando attraverso i suoi progetti nel corso del tempo.